2024년 8월, 마지마 고로는 하와이 근처의 외딴 섬인 리치 아일랜드에 떠내려와 과거와 그곳에 도착한 경위에 대한 기억을 전혀 갖지 못한다. 그는 천식 소년 노아 리치에게 깨어난다. 노아를 지역 해적들로부터 구한 후, 마지마는 노아의 집으로 옮겨진다. 노아의 알코올 중독자 아버지 제이슨은 마지마에게 현재 일본 야쿠자들이 청소 작업을 진행 중인 넬레 아일랜드로 가는 도중 난파된 것 같다고 말한다. 제이슨이 잭 더 컬렉터가 이끄는 해적들의 괴롭힘으로부터 딸 모아나를 지키다가 구타당하자, 마지마가 나서서 그들을 물리친다. 마지마는 잭의 선원단을 인수하고 선장이 되며, 그 과정에서 요리사 후지타 마사루를 영입한다. 마사루는 자신이 한때 제이슨과 파트너 관계였으며, 제이슨은 모든 질병을 치료할 수 있는 보물과 "영생의 묘약"을 담고 있다고 알려진 전설적인 보물인 "에스페란자의 잃어버린 보물"을 찾아다니는 전직 보물 사냥꾼이었다고 밝힌다. 제이슨은 노아의 천식을 치료하기 위해 묘약을 찾으려 했지만, 해적 콜로세움에서 조작된 경기 도중 배를 잃고 많은 돈을 잃어 은퇴하게 되었다. 마지마는 섬 너머의 세상을 탐험하고 싶어하는 노아를 위해 제이슨을 선원단에 합류시킨다. 선원단을 모으고 스스로를 고로 해적단이라고 부르며, 마지마와 그의 새로운 동맹들은 넬레 아일랜드로 항해를 시작한다.
도착하자마자 마지마는 한때 섬을 지배했던 팔레카나 종교의 광신도들에게 공격을 받는다. 이들은 로드리게스라는 신도가 이끌고 있었다. 전 토조카이 가문의 가주인 시가키 테루히코가 싸움을 멈추기 위해 개입한다. 시가키는 에비나 마사타카의 야쿠자들을 유독 폐기물에 노출시키려는 계획이 무산된 후, 전 토조카이 지도부와 하와이 주 정부가 새로운 폐기물 제거 계획을 위해 협력하여 전직 야쿠자들이 안전하게 섬을 청소하는 합법적인 고용을 허용했다고 설명한다. 시가키는 또한 마지마의 의형제인 사에지마 타이가가 곧 넬레 아일랜드에 도착하여 마지마의 회복을 돕기 위해 일본으로 호송할 것이라고 말한다. 섬을 방문한 후, 마지마는 해적들을 위한 사교 장소이자 한때 팔레카나의 타락한 현자 브라이스 페어차일드가 건설하고 현재 미셸 여왕이 지배하는 매드랜티스로 항해하는 야쿠자 그룹을 따라간다. 도중에 마사루는 뉴욕의 사채업자 스페이드 터커가 매드랜티스에서 에스페란자 보물에 대한 새로운 정보를 자랑하는 모습이 목격되었다고 밝힌다.
매드랜티스에 들어서자, 고로 해적단은 터커가 어디에도 보이지 않는다는 것을 알게 되고, 마지마에게는 이전에 제이슨의 선원단을 배신하고 콜로세움에서 그가 패배하게 만든 고위 해적 사령관 모티머가 건 현상금이 걸려 있었다. 고로 해적단은 콜로세움에 들어가 모티머 함선 중 하나를 물리친다. 선원단은 미셸과 모티머, 해적왕 레이먼드 로, 그리고 여왕의 오른팔이자 보디가드 역할을 하는 제이슨의 큰딸 나오미를 만나도록 초대받는다. 나오미는 마지마에게 미셸이 넬레 아일랜드에서 마지마의 목적을 알고 있으며, 섬에 숨겨진 비밀을 찾는 것을 도와달라고 비밀리에 말한다.
노아가 팔레카나 광신도들에게 납치되어 마지마, 마사루, 제이슨은 노아를 구하기 위해 매드랜티스 지하를 통과해야 한다. 답을 얻고 싶어하는 마지마와 그의 선원단은 호놀룰루에서 나오미를 만난다. 나오미는 에스페란자 보물이 넬레 아일랜드 어딘가에 묻혀 있었고, 터커로부터 그 정보를 얻었다고 밝힌다. 터커는 보물을 찾기 위해 시가키와 협력하여 넬레 아일랜드가 정부에 의해 봉쇄되는 것을 막고 있었다. 마지마는 넬레 아일랜드로 돌아가 그룹을 공격하는 시가키와 대치한다. 시가키는 노아의 납치를 조작하여 마지마가 매드랜티스를 떠나거나 사에지마가 섬에 도착하는 것을 막으려 했다고 설명한다. 둘 다 그의 목표에 방해물이었기 때문이다. 시가키는 마지마와 화해하고 보물을 찾기 위해 그의 선원단에 합류한다. 사에지마는 넬레 아일랜드에 도착하여 마지마가 일본으로 돌아가기를 거부하자 그와 말다툼을 벌인다. 사에지마는 결국 패배하고 제압된다.
마지마는 터커를 만난다. 터커는 에스페란자를 공격하고 보물을 독점한 후 넬레 아일랜드에 떠내려온 해적 중 한 명이 쓴 일기를 발견했다고 밝힌다. 그곳에서 해적들은 동굴 안에 "이단자들의 마을"을 발견하고 그곳에 보물을 숨기기로 결정한다. 노아는 섬에 사는 노인을 발견하는데, 나중에 로드리게스의 아버지로 밝혀지며 에스페란자에서 나온 동전을 가지고 있었다. 로드리게스는 마지마와 싸운 후, 팔레카나 광신도들을 모아 야쿠자 정착지를 공격하고, 마지마, 시가키, 야쿠자들은 그들을 막아내야 한다. 그들은 나중에 노아, 사에지마, 고로 해적단에게 구출된다. 로드리게스는 레이먼드와 동맹을 맺고 보물을 팔 계획을 가지고 있었지만, 보물의 위치는 몰랐다고 밝힌다. 마지마는 로드리게스와 휴전을 맺고 함께 보물을 찾기 위해 협력한다.
마지마는 매드랜티스를 통해 터커가 넬레 아일랜드에 도착하는 것을 돕기로 결정하지만, 모티머와 레이먼드의 방해를 받는다. 레이먼드는 터커를 통과시키기 위해 마지마에게 콜로세움 전투에서 모티머를 이기는 대가로 거래를 제안한다. 마지마와 그의 선원단은 나중에 모티머의 부하들과 술을 마시는 모습이 목격된 마사루와 대치한다. 짧은 싸움 후, 마사루는 자신과 모티머 모두 7년 전 레이먼드에게 매수되어 제이슨의 배를 파괴하려 했다고 밝힌다; 마사루는 처음에는 매수금을 받았지만 나중에 돌려주었다. 그는 제이슨과 화해한다. 마지마는 모티머를 물리치고, 모티머는 마지마의 현상금을 제거해 주겠다고 제안하지만, 그 결과 자신의 부하들에게 살해당한다.